Program Studi Pendidikan Agama Kristen STAK Negeri Kupang adalah Program Studi yang didirikan dengan visi menjadi Jurusan yang terdepan dalam menghasilkan pendidik, pemimpin dan penyuluh agama yang profesional dan berkarakter Kristiani di kawasan Indonesia Tengah. Program Studi Pendidikan Agama Kristen STAK Negeri Kupang telah menjadi LPTK Mitra dengan STAKPN Ambon sebagai LPTK Induk dalam menyelenggarakan PLPG bagi Guru Sertifikasi Pendidikan Agama Kristen. Sebagai LPTK Mitra, STAK Negeri Kupang melalui Program Pendidikan Agama Kristen juga menerima mahasiswa yang meliputi wilayah seluruh Indonesia. Adapun Program Studi Pendidikan Agama Kristen bertujuan untuk: pertama, menghasilkan tenaga pendidik, pemimpin dan penyuluh agama Kristen yang berwawasan kebangsaan. Kedua, menghasilkan tenaga pendidik, pemimpin dan penyuluh agama Kristen yang terampil meneliti dan dapat mengembangkan ilmu di bidang Pendidikan Agama Kristen. Dan ketiga, menghasilkan tenaga pendidik, pemimpin dan penyuluh agama Kristen yang dapat mengabdikan diri bagi kepentingan kesejahteraan masyarakat. Di atas visi dan misi ini, Program Studi Pendidikan Agama Kristen STAK Negeri Kupang ingin menghasilkan profil lulusan yakni: Pendidik Kristen yang Profesional, Pemimpin Kristen, Penyuluh Agama yang diimplementasikan antara lain: menjadi pendidik atau guru agama Kristen baik pada tingkat sekolah yang diselenggarakan oleh pemerintah atau swasta seperti: PAUD/TK, SD/SDTK, SMP/SMPTK, SMA/SMK/SMAK/SMTK) maupun gereja, seperti: guru pada pelayanan bidang Kategorial (Sekolah Minggu, Katekisasi, dan lain-lain yang sejenis). Selain itu juga menjadi penyuluh atau aktifis agama Kristen (implementasi pemimpin Kristen) pada lembaga pemerintah maupun lembaga sosial yang berciri Kristiani (misalnya penyuluh Kementerian Agama RI/Bimbingan Masyarakat Kristen, Lembaga Pemasyarakatan, panti asuhan, panti jompo, rehabilitasi dan lain sebagainya). Program Studi Pendidikan Agama Kristen sendiri didirikan pada tahun 2007 dengan SK Pendirian Program Studi Nomor: DJ.III/Kep/HK.00.5/261/4268/2007, telah memiliki Ijin Penyelenggaraan dengan Nomor: DJ.III/KEP/ HK.05/379/2009. Program Studi ini juga telah terakreditasi BAN-PT dengan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 808/BAN-PT/Akred/PT/VIII/2015 tentang Nilai dan Peringkat Akreditasi Institusi Perguruan Tinggi. Penyelenggaraan dan pelaksanaan pendidikan di Program Studi PAK didukung oleh Sumber Daya Manusia yang berkualitas dan profesional. Tenaga pengajar atau dosen di STAK Negeri Kupang Sampai Tahun Akademik 2017/2018 keseluruhannya berjumlah 62 orang dengan jumlah mahasiswa 1.863 orang. Program Studi Pendidikan Agama Kristen terus berupaya mengembangkan kualitas Sumber Daya Manusia melalui berbagai kegiatan yang melibatkan para dosen dan staf, termasuk di dalamnya kegiatan-kegiatan studi banding. Program Studi Pendidikan Agama Kristen juga terus memotivasi Dosen untuk melaksanakan peningkatan kualifikasi pendidikan dari Jenjang S2 ke S3. Hingga tahun 2018 dosen Program Studi Pendidikan Agama Kristen yang melanjutkan studi ke Jenjang S3 sebanyak 11 orang. Program Studi Pendidikan Agama Kristen juga berupaya untuk berbenah diri melalui pengembangan sarana dan prasarana termasuk fasilitas pembelajaran.