Program Studi Teologi merupakan upaya STTII Kupang dalam merealisasikan visi 1:1:1. Program ini dibentuk untuk memperlengkapi mahasiswa sebagai sarjana yang unggul dalam penguasaan teologi biblika, memiliki karakter ilahi, serta terampil dalam pelayanan. Dalam pelaksanaannya, Program Studi Teologi berusaha menyeimbangkan intelektual, spiritual dan moral sebagai dasar pelayanan kristen. Dengan demikan para lulusan diharapkan dapat memenuhi kebutuhan gereja dan masyarakat indonesia.